硝化菌的作用是降低水中的氨氮和亚盐的浓度，还有净水作用。亚菌属：在水中生态系统中将氨消除（经氧化作用）并生成亚的细菌类；亚菌属细菌，一般被称为"氨的氧化者"，因其所维生的食物来源是氨，氨和氧化合所生成的化学能足以使其生存。
市售硝化细菌制剂可分为活菌及休眠菌两种，前者是利用细菌的活成，在显微镜的观察下，可看到它们的活动情形。后者是利用休眠菌制成，在显微镜的观察中，则无法看到它们具有活动能力。
硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚）加以分解去除，故有净化水质的功能。在水质pH中性、弱碱性的环境下发挥效果最佳，在酸性水质中发挥效果最差。
为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌。
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